海岸巡防為國家安全的根本，政府為統一海岸巡防事權及有效管理海域，於民國89年1月28日，納編原國防部海岸巡防司令部、內政部警政署水上警察局及財政部關稅總局緝私艦艇等任務執行機關，成立部會層級的海域執法專責機關「行政院海岸巡防署」，確立岸海合一之執法機制，一方面致力於維護國家的海洋權益、保障人民的生命財產，二方面注重執法的妥當性，在執法的過程中，兼顧公平、適當、澈底等原則，積極朝向海洋發展，開創我國海域及海岸巡防之新紀元。

配合行政院組織調整於107年4月28日成立海洋委員會，「行政院海岸巡防署」改隸為「海洋委員會海巡署」，持續執行海域及海岸巡防執法工作。